Een container met protomaterie

Protomaterie is een uitermate gevaarlijke, instabiele materievorm.

De gevaarlijke eigenschappen leidden ertoe dat de meeste wetenschappers in de 23e eeuw het niet actief gebruikten, maar dit kon David Marcus niet verhinderen het in het geheim te gebruiken in zijn Project Genesis raster. Dit verdoemde het project vanaf het begin af aan, aangezien de betreffende planeet ook het instabiele raster deelde. ("Star Trek III: The Search for Spock")

In 2370 werd protomaterie gebruikt door Professor Gideon Seyetik bij zijn poging om de ster Epsilon 119 te activeren. (DS9:"Second Sight")

In hetzelfde jaar probeerde de Maquis het Cardassian sterrenschip Bok'Nor op te blazen door een implosief van protomaterie te voorzien. (DS9:"The Maquis, Deel I")

In 2373 infiltreerde een vormverwisselaar, die zich vermomd had als Dr. Julian Bashir, op Deep Space 9 tijdens een poging om de Bajoran zon te vernietigen, door gebruik te maken van protomaterie, trilithium en tekasite. (DS9:"By Inferno's Light")

In 2374 kwam de USS Voyager een nevel tegen die hoge concentraties protomaterie bevatte. Toen de protomaterie getransporteerd werd naar een container die Neelix vasthield, kwam hij hierbij om het leven. Hij kon weer tot leven worden gewekt door gebruik te maken van Borg technologie. (VOY:"Mortal Coil")